Ich habe das bisher nur für After Effects 6.0 gelesen, aber vielleicht ist es bei 5.5 ja ähnlich. Du musst nach einer Datei suchen, die sich "Adobe After Effects 6.0 Einstellungen.txt" nennt. Unter AE 5.5 heißt Sie wahrscheinlich dann entsprechend. Di Datei liegt bei mir unter C:/Dokumente und Einstellungen/Benutzername/Anwendungsdaten/Adobe/After Effects/Prefs.
Dort findest Du dann diesen Eintrag "QuickTime Flash Importer Alpha Channel Support". Er ist nur für OS 9 auf 1 - also auf ein - geschaltet. Du kannst mal probieren, ob es klappt, wenn du den Wert auch für Windows auf 1 setzt. Falls es nicht klappt, wieder zurückstellen.
Viel Erfolg,
Sven.