Hallo pizzaservice,
ich gehe mal, wie Monika, davon aus, dass es sich nicht wirklich um einzelne Ebenen handelt, sondern um eine PDF-typische Dateistruktur mit einer Ebene, zahlreichen Objekten und zahlreichen Beschnittgruppen.
Im beiliegenden Screenshot ist eine typische Struktur abgebildet (das ist eine Illustration mit Text, die als PDF gespeichert und dann wieder in Illustrator geöffnet wurde).
Sieht das bei Dir ähnlich aus ? Schick doch mal einen Screenshot Deiner Ebenenstruktur.
Ich vermute Dein Problem ist eher das Auflösen der Beschnittgruppen, um damit vernünftig arbeiten zu können.
Viele Grüße Peter