Mit ID CC (2014) geht es auch Datei > Verpacken, und dann im Dateiendialog IDML (wie auch PDF) anhaken. Dadurch werden alle Links richtig für die IDML verpackt.
Zur IDML gehören nämlich immer die Verknüpfungen, die müssen immer irgendwie mitgegeben werden oder die IDML muss an der selben Stelle, wie die Ursprungs-INDD gespeichert werden, sonst funktioniert es nicht ganz so.
PDF ist auch sinnvoll, weil jede INDD aus einer IDML konvertiert mit den Soll-Daten verglichen werden muss. Änderungen sind leider wahrscheinlich.