Hallo Oli,
ich hatte letztens einen ähnlichen Fall. Es gab platzierte (alte) EPSe mit Objekten in einer Volltonfarbe, die aber in ID als 4c erschien und auch so ausgegeben wurde. Einzige Abhilfe war, die EPSe in Illustrator zu öffnen und dort den Objekten die jeweilige Volltonfarbe neu zuzuweisen. Dann ging's.
Ich hätte jetzt keine wirkliche Erklärung dafür. Entweder waren die alten Dateien einfach kaputt oder es hat etwas mit den Volltonfarbbibliotheken zu tun. Wenn ich mich recht erinnere, hatte es aber in diesem Fall nichts mit der Tatsache zu tun, dass es EPS-Dateien waren.
Gruß
Michael