Auch wenn die Schrift ins PDF eingebettet ist, kannst du normalerweise keine Textveränderungen in Illustrator vornehmen, es sei denn die Schrift ist darüber hinaus auch auf deinem Rechner vorhanden.
Du kannst aber die Schrift vor dem Öffnen in Illustrator in Pfade wandeln:
Erstelle in InDesign eine neue Tranparenzreduzierungsvorgabe, bei der du "Text in Pfade umwandeln" anwählst. Platziere nun das PDF in einem InDesign-Dokument und platziere zusätzlich irgendwo ein kleines, halbtransparentes Objekt. Exportiere das Dokument als PDF, Version 1.3 und wähle dabei die eben erstellte Transparenzreduzierungsvorgabe.
Im so entstandenen PDF sind alle Schriften in Pfade gewandelt.